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Im Jahre 1800 traf Alexander von Humboldt zum ersten Mal auf Kuba ein. Seine zwei Reisen auf der Karibikinsel sollten ihm den Spitznamen „der zweite Entdecker Kubas“ einbringen. Denn obwohl das Land schon Jahrhunderte zuvor von Christopher Kolumbus „entdeckt“ und besiedelt worden war und obwohl es bereits 1510 unter spanische Kolonialherrschaft fiel, gelang es dem Naturforscher, einige wichtige Gegebenheiten zu bestimmen.

So korrigierte Humboldt etwa die Kartenlage von Havanna um eineinhalb Grad und sorgte so für die genaue geografische Bestimmung der Stadt. Seine Reise begann er eben dort, in der heutigen Hauptstadt, die damals noch hauptsächlich für ihren großen Militärhafen bekannt gewesen ist. Auch die Städte Batabanó südlich von Havanna und Trinidad, das sich weiter im Osten der Insel befindet, erwähnt er in seinen Briefen und Tagebuchausschnitten aus dieser Zeit. Umgeben hat er sich dort mit Bürgerlichen wie dem Plantagenbesitzer Francisco de Arango y Parreño, mit dem ihn schon bald auch eine recht freundschaftliche Beziehung verband und der ihn bei seiner Erforschung der Böden und Pflanzen unterstützte. Daneben berichtet Alexander von Humboldt von den zahlreichen Zuckerrohrplantagen der Karibikinsel.

Seine Entdeckungen schrieb er 1826 in seinem Essai politique sur l’île de Cuba nieder, der wegen der expliziten Ausführungen zu und Kritik an der dortigen Sklavenarbeit zunächst auf der Insel verboten wurde. Mittlerweile ist das Bild des Forschers auf Kuba ein anderes; ihm ist ein grünbewachsener Platz in Havanna gewidmet, auf welchem sich eine Büste von Alejandro de Humboldt, wie er dort genannt wird, befindet. Ebenso trägt ein Nationalpark im Osten nahe Baracoa seinen Namen.

Auch die Zusammenarbeit auf wissenschaftlicher Ebene wird noch immer aufrechterhalten. So ist es beispielsweise möglich, über die HU ein Auslandssemester an der Universidad de La Habana zu verbringen und auch die Berlin-Brandenburgische Akademie der Wissenschaften hat sich mit dem kubanischen Ministerium für Wissenschaft, Technologie und Umwelt auf eine gemeinsame Aufarbeitung verständigt. So bleibt das Erbe Alexander von Humboldts in der deutsch-kubanischen Kooperation bestehen und fördert den kulturellen sowie wissenschaftlichen Austausch, was Vorteile für Forschung, Lehre und Studierende beider Länder mit sich bringt.